Le jardin botanique est fermé au public depuis mars 2018 pour cause de déménagement. Il ré-ouvrira au campus universitaire de la Bouloie en 2024. Le jardin botanique de l'Université de Franche-Comté et de la Ville de Besançon constitue un lieu de découverte et d’approfondissement de la botanique, de l’écologie et du développement durable à travers le temps. Il participe à la sauvegarde de la biodiversité et contribue aux dialogues entre scientifiques et tout public.