Die Stiftskirche Sainte-Madeleine verfügt über einen Museumsbereich mit drei Ausstellungsräumen und einer wunderschönen Paramentik-Sammlung. Dieses Museum zeugt anhand der ausgestellten Objekte von fünf Jahrhunderten Geschichte des Viertels Les Bousbots: Beschwörung der Identität des Viertels aufgrund seiner Lage, der Weinbautradition, der sozialen und religiösen Aktivitäten der wichtigsten Pfarrei von Besançon im 19. Jahrhundert, der berühmten Persönlichkeiten, die ihre Identität in diesem Viertel geprägt haben... Öffnungszeiten nur für Gruppen und Vereine. Das Museum ist in den Sommermonaten dienstags und mittwochs von 14:00 bis 17:00 Uhr für alle geöffnet. Das Musée de la Madeleine ist auch während der Europäischen Tage des Kulturerbes im September geöffnet.