Tout d'abord, le lait du Comté est produit dans plus de 3 000 exploitations familiales qui pratiquent une agriculture extensive, c’est à dire une agriculture qui ne vise pas les rendements les plus élevés mais qui cherche au contraire une production de qualité, tenant compte des particularités des sols.
L'agriculteur élève des vaches de race Montbéliarde (95% du cheptel) ou Simmental française (5%), les nourrit avec une alimentation naturelle à base d'herbe fraîche à la belle saison et de foin en hiver. Tout aliment fermenté, type ensilage, est interdit car il est néfaste à la qualité du lait.
La flore du Massif Jurassien est très diversifiée et, en fonction de l'endroit où elles se trouvent, les vaches broutent des plantes différentes qui vont influer sur le lait et donc sur le goût des Comtés.
Pour produire le fourrage nécessaire à l'alimentation de son troupeau, chaque agriculteur doit exploiter au minimum un hectare de surface fourragère par vache laitière. Il trait ses vaches matin et soir. Le lait doit être porté chaque jour à la fruitière. Pour exprimer au mieux la diversité des terroirs, la zone de collecte de chaque fruitière est limitée à une zone de 25 km de diamètre.